进行污水防治，根本的原则是“防”“治”“管”三者结合起来。
“防”
对污染源的控制，通过有效控制和预防措施，使污染源排放的污染物量削减到最小量。
(1) 对工业污染源，最有效的控制方法是推行清洁生产。清洁生产是指资源能源利用量最小，污染排放量也最少的先进的生产工艺。清洁生产采用的主要技术路线有：改革原料选择及产品设计，以无毒无害的原料和产品代替有毒有害的原料和产品；改革生产工艺，减少对原料、水及能源的消耗；采用循环用水系统，减少废水排放量；回收利用废水中的有用成分，使废水浓度降低等。清洁生产提倡对产品进行生命周期的分析及管理，而不是只强调末端处理。
(2) 对生活污染源，可以通过有效措施减少其排放量。如推广使用节水用具，提高民众节水意识，降低用水量，从而减少生活污水排放量。
(3) 对农业污染源，为了有效地控制面污染源，更必须从“防”做起。提倡农田的科学施肥和农药的合理使用，可以大大减少农田中残留的化肥和农药，进而减少农田径流中所含氮、磷和农药的量。
“治”
通过各种措施治理污染源以及已被污染的水体，使污染源实现“达标排放”，令水体环境达到相应的水质功能。
污染源要实现“零排放”是很困难的，或者几乎是不可能的，因此，必须对污(废)水进行妥善的处理，确保在排入水体前达到国家或地方规定的排放标准。应十分注意工业废水处理与城市污水处理的关系。对于含有酸碱、有毒有害物质、重金属或其他特殊污染物的工业污水，一般应在厂内就地进行局部处理，使其能满足排放至水体的标准或排放至城市下水道的水质标准。那些在性质上与城市生活污水相近的工业污水，则可优先考虑排入城市下水道与城市污水共同处理，单独对其设置污水处理设施不仅没有必要，而且不经济。城市污水收集系统和处理厂的设计，不仅应考虑水污染防治的需要，同时应考虑到缓解水资源矛盾的需要。在水资源紧缺的地区，处理后的城市污水可以回用于农业、工业或市政，成为稳定的水资源。为了适应废水回用的需要，其收集系统和处理厂不宜过分集中，而应与回用目标相接近。
另外，对于已经遭受污染的水体，应根据水体污染的特点积极采取物理、化学、生物工程等手段进行污染治理，使恶化的水生态系统逐步得到修复。
“管”
加强对污染源、水体及水处理设施的监控管理，以管促治。“管”在水污染防治中也占据十分重要的地位。科学的管理包括对污染源、水体处理设施以及污水处理厂进行经常监测和检查，以及对水体环境质量进行定期的监测，为环境管理提供依据和信息。
